《中华人民共和国专利法》第四条规定：“申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。
”是指发明专利申请涉及国防方面的国家秘密需要保守的，受理专利的机关是国防专利机构；国务院专利行政机关受理的，涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应移交国防专利机构审查，由国务院专利行政部门根据国防专利机构的审查意见作出决定。
国务院专利行政部门受理发明专利申请后，应当将需要进行保密审查的申请转送国务院有关主管部门审查，有关主管部门应当在收到该申请之日起四个月内将审查结果通知国务院专利行政部门，需要保密的，由国务院专利行政部门按照保密专利申请处理，并通知申请人。
保密审查员对确定需要保密的专利申请案卷做出保密标记，建立保密案卷位置状态卡，在计算机系统中做出处理，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行管理。
保密专利申请的初步审查和实质审查均由国家知识产权局专利局指定的审查员进行。
初步审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行，初步审查合格的保密专利申请不予公布，已有实质审查请求并缴纳实质审查费的，直接进入实质审查程序。
实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。
经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予专利权通知，并由保密审查员通知申请人办理专利权登记手续。
保密专利申请的授权公告仅公布专利分类号、专利号、专利申请日和授权公告日。